アレルギー免疫科では、免疫疾患の病態を解明し、それに基づいて新たな診断や治療法を開発することを目指しています。関節リウマチに対する治療として、生物学的製剤やJAK阻害薬が選べる時代になりましたが、個々の患者さんにとって何が最も有効か、その薬剤選択法に関してはまだよくわかっていません。患者さんの検体と大規模臨床データから、その開発を機械学習を用いて行っています。またIgG4関連疾患に関しては、わが国における多くの診療経験を有する施設の一つです。私たちは、以前、「ミクリッツ病」と呼ばれていた病態が、全身疾患であるIgG4関連疾患の中の涙腺・唾液腺炎であることを世界で初めて見出し、報告しました。また症例レジストリーを構築し、その臨床像、合併症などを、日常診療に役立つ情報を先駆けて発信してきました（前任地の札幌医科大学にて）。現在は、この医科学研究所で、人工知能を活用し、病態の解明と新しい治療法（個別化医療）の開発に取り組んでいます。

このように自己免疫疾患に対して、医科研にある最新の技術を駆使し、個別化医療を目指して、臨床及び研究に取り組んでいます。