アレルギー免疫科では、免疫疾患の病態を解明し、それに基づいて新たな診断や治療法を開発することを目指しています。関節リウマチに対する治療として、生物学的製剤やJAK阻害薬が選べる時代になりましたが、個々の患者さんにとって何が最も有効か、その薬剤選択法に関してはまだよくわかっていません。患者さんの検体と臨床データから、その開発を行っています。またIgG4関連疾患に関しては、わが国における多くの診療経験を有する施設の一つです。私たちは、以前、「ミクリッツ病」と呼ばれていた病態が、全身疾患であるIgG4関連疾患の中の涙腺・唾液腺炎であることを世界で初めて見出し、報告しました。また症例レジストリーを構築し、その臨床像、合併症などを、日常診療に役立つ情報を先駆けて発信してきました（前任地の札幌医科大学にて）。現在は、この医科学研究所で、病態の解明と新しい治療法の開発に取り組んでいます。