本研究部門では、感染とその発症の分子機構、免疫における自己・非自己の分子 識別および生体防御調節機構の解明を行い、それらを感染と免疫に関連する 疾患の制御ならびに予防に応用することを目指している。現在は細菌感染、ウイルス感染、宿主寄生体学、免疫調節、炎症免疫学、感染遺伝学の６つの分野と、さらに寄付研究部門 （幹細胞シグナル分子制御遺伝子遺伝子制御分野）を加えたグループから構成されている。これらの研究グループでは病原体と宿主の一方にのみ片寄ることなく、分子、細胞から 固体レベルまでを包含した幅広い研究を展開していることが特徴である。 また本研究部門では、国内外の大学および国立研究機関と積極的な共同研究を行ない多くの 学術的成果をあげてきたが、一方で、それらの知見を感染症や免疫病の予防や治療へ応用 するための新技術あるいは創薬の開発を目指して、医薬品関連企業や臨床医等との共同 研究も積極的に推進している。近年の新興・再興感染症の出現により病原微生物、感染 免疫、感染遺伝学およびゲノム創薬の研究の重要性が再認識されているが、この方面の 研究者は我が国では少ない。そこで本研究部門は、感染・免疫学の我が国の中核として研究交流活動を推進するとともに、次世代の優秀な研究・教育者を育成することも重要な使命の一つとしている。