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沿革

 
明治25年: 大日本私立衛生会附属伝染病研究所設立。
(初代所長:北里柴三郎)
明治32年: 内務省所管の国立伝染病研究所となった。
明治39年: 現在の港区白金台に新築移転した。
大正 3 年: 文部省に移管。
大正 5 年: 東京帝国大学附置伝染病研究所となった。
昭和22年: 厚生省所管の国立予防衛生研究所が設置され、本研究所職員の約半数が移籍した。
昭和22年: 東京帝国大学は東京大学となった。
昭和40年: 実験動物研究施設が設けられた。
昭和41年: 奄美病害動物研究施設が設けられた。
昭和42年: 伝染病研究所が医科学研究所に改組し、「感染症・がんその他の特定疾患に関する学理及びその応用の研究」を目的とすることになった。医科学研究所は、研究部18部門「細菌、細菌感染、免疲学、ウイルス、ウイルス感染、寄生虫、アレルギー学、獣医学、制癌、癌細胞学、癌体質学、病理学、微細形態学、化学、細胞化学、生物物理化学、内科学、外科学」、附属施設3施設「実験動物研究施設、奄美病害動物研究施設、病院(2診療科:内科、外科)」で発足した。
昭和43年: 癌ウイルス研究部が設けられた.
昭和44年: 癌生物学研究部及び附属病院に放射線科が設けられた。
昭和45年: 臓器移植生理学研究部が設けられた。
昭和45年: 生物製剤試験製造施設が設けられた。
昭和47年: 内科学、外科学研究部は、感染症、癌病態学研究部と改称された。
昭和47年: 微生物株保存施設及び附属病院に人工臓器移植科が設けられた。
昭和49年: 細胞遺伝学研究部が設けられた。
昭和49年: 熱帯病学研修制度が発足した。
昭和51年: 病態薬理学研究部が設けられた。
昭和51年: 附属病院に検査部が設けられた。
昭和53年: 附属病院に中性子診療部が設けられた。
昭和55年: 遺伝子解析施設が設けられた。
昭和56年: 生物有機化学研究部及び附属病院に感染 免疫内科が設けられた。
昭和63年: 分子生物学研究部が設けられた。
平成 元年: 生物製剤試験製造施設の改組・転換により分子病態研究施設が没けられた。
平成 2 年: 附属病院に輸血部が設けられた。
平成 3 年: 生物有機化学研究部の改組・転換により細胞生物化学研究部、又ヒトゲノム解析センター(ゲノムデータべース分野)及び附属病院に手術部が設けられた。
平成 4 年: 創立100周年を迎え、記念式典等挙行した。ヒトゲノム解析センターにゲノム構造解析分野設けられた。
平成 5 年: ヒトゲノム解析センターにDNA惰報解析分野が設けられた。
平成 6 年: 附属病院の中性子診療部が廃止され、エイズ診療部が設けられた。
平成 7 年: 遺伝子制御寄付研究部門、幹細胞シグナル分子制御、(アムジェン)寄付研究部門及び細胞プロセッシング(旭化成)寄付研究部門が設けられた。
平成 8 年: 分子病態研究施設の改組・転換により、ヒトゲノム解析センターにゲノムシークエンス解析分野及びシークエンス技術開発分野が設けられた。造血因子探索(中外製薬)寄付研究部門が設けられた。
平成 9 年: ゲノム知織発見システム(日立)寄付研究門が設けられた。病院にプロジェクト診療部が設けられた。
平成10年: 分子生物学研究部が分子細胞制御研究部と改称された。獣医学研究部、癌生物学研究部の改組、転換により、ヒト疾患モデル研究センターが設けられた。人工臓器移植科が小児細胞移植科と改称された。
平成11年: 生協が改修され、白金ホールとして竣工した。大講堂が改修された。旧寄生虫棟が改修され、標準SNPs解析棟として竣工した。
平成12年: 改組が認められ、従来の23研究部から3部門(感染・免疫部門、癌・細胞増殖部門、基礎医科学部門)になった。先端医療研究センターが新設された。ヒトゲノム解析センターに新たに3分野(シークエンスデータ情報処理分野、ゲノム機能解析分野、機能解析イン・シリコ分野)の増設が認められた。微生物株保存施設が廃止された。ゲノム情報応用診断(大塚製薬)寄付部門が設けられた。
平成13年: 病院の改組に伴い、病院のエイズ診療部が廃止され、病院にゲノム診療部、医療安全管理部、先端医療研究センターに免疫病態分野が新設された。同時に、内科、外科、小児細胞移植科、感染免疫内科、臓器移植科を廃止し、内科、外科、放射線科の3診療科に統合された。
プロテオーム解析(ABJ&Millipore)寄付研究部門が設けられた。
近代医科学記念館を開設した。
平成14年: 細胞ゲノム動態解析(ビー・エム・エル)寄付研究部門が設けられた。
平成15年: 総合研究棟・新病院棟が竣工した。バイオスタティスティクス人材養成ユニット(京都大学-医科学研究所)が設けられた。神経情報シグナル共同研究ユニット(NTT-医科学研究所)が設けられた。
幹細胞組織医工学(歯胚再生学)(デニックス・日立メディコ)寄付研究部門が設けられた。
平成16年: 国立大学法人法(平成15年法律第112号)により東京大学は国立大学法人東京大学に改称となった。
先端臨床プロテオミクス共同研究ユニット(島津製作所・凸版印刷)が設けられた。
機能プロテオミクス共同研究ユニット(幸良会)が設けられた。
科学技術振興調整費の新興・再興感染症制圧のための共同戦略プログラムが設けられた。
平成17年: 感染症国際研究センターが新設されその下に高病原性感染症部門、病原性微生物資源室、感染制御部門が新設された。さらに感染制御部門の下に微生物学分野、細菌学分野、ウィルス学分野の3分野が新設された。
再生基礎医科学(オリエンタル・トミー・ソフトバンク)寄付研究部門が設けられた。 
探索医療ヒューマンネットワークシステム(アインファーマシーズ)寄付研究部門が設けられた。
平成18年: アジア感染症研究拠点が中国・北京に開設された。
幹細胞組織医工学(歯胚再生学)(デニックス・日立メディコ)寄付研究部門が幹細胞組織医工学(日立プラント・デニックス・アルブラスト)寄付研究部門として再発足した。
疾患プロテオミクスラボラトリーが新設された。
平成19年: フロンティア研究拠点(5年間)が設置された。
平成20年: 幹細胞治療研究センターが設置された。
東大白金ひまわり保育園が開設された。
平成21年: ヒト疾患モデル研究センターがシステム疾患モデル研究センターに改組された。
平成23年: 国際粘膜ワクチン開発研究センターが設置された。
平成26年: 遺伝子・細胞治療センターが設置された。
平成27年: ヘルスインテリジェンスセンターが設置された。
平成29年: 創立125周年・改組50周年を迎え、記念式典を挙行した。
平成30年: 文部科学省国際共同利用・共同研究拠点に認定された。
令和 2 年: ヘルスインテリジェンスセンターがヒトゲノム解析センターに統合された。
令和 4 年: 国際粘膜ワクチン開発研究センターが国際ワクチンデザインセンターに改組された。