本部门的研究内容主要包括理解感染及发病的分子机制、阐明存在于免疫过程中的自体/非自体分子识别以及生物防御调节机制,并将其成果应用于对相关疾病的控制和预防中。目前除了细菌传染、病毒传染、宿主寄生体学、炎症免疫学、传染遗传学等5个主要实验室之外,还有协助研究小组。各个实验室的研究不偏重于病原体或宿主的任何一方，以覆盖从分子、细胞直到固体所有水平的广泛研究范围为特征。我们积极与国内外大学及国立研究机关进行合作研究并已取得了多项学术成果。同时也与医药品企业及临床医生进行合作研究，希望将这些成果应用到以预防和治疗传染病、免疫系统疾病为主的技术开发以及药品开发当中。

近年来的新兴·复兴传染病的出现让我们再次认识到病原微生物、传染免疫、感染遗传学以及基因组药物开发等研究的重要性，但国内的相关研究者数量相对很少。在这样的形势下，本研究部门在我国的传染免疫学研究方面起着核心领导作用的同时，也担当着培养下一代优秀研究者和教育者的历史使命。