奄美病害动物研究中心最初设立于1966年,地处琉球群岛北部的奄美群岛。明治时代，在医科学研究所设立了分支部门，进行热带地方病的研究。多年来的研究成果中，值得一提的有利用模式生物进行的研究，为日本丝虫病的灭绝打下了坚实基础。
目前的课题包括有关腹蛇血清中存在的抗毒蛋白的应用研究，以及在地区的行政部门和居民的协调配合下进行的腹蛇数量的动态调查。对于一些受到世界关注的奄美群岛特有野生动物，我们通过分析它们粪便中的DNA来调查其实际生存及分布状况。此外，我们还进行一些小型灵长类实验动物的人工繁殖工作。原产于南美的松鼠猴和夜猴，身体大小适于实验操作，而且对疟疾有易感性，是比较优秀的灵长类实验动物。但是由于在日本国内饲养繁殖的成功率比较低，同时又是比较珍贵的生物资源。本研究部门从2005年开始成为灵长类动物的重点实验基地，先后建成了P2及P3实验室。以医科学研究所附属国际传染病研究中心为核心，与各个基础医学研究领域进行广泛交流及共同研究。